Место работы: Заведующая кафедрой генетики Южного Федерального Университета, заведующая научной лабораторией «Биологии развития и организации генома»
Эл. почта: tshkurat@sfedu.ru
Персональные идентификаторы:
SPIN: 5620-2091
РИНЦ ID: 186171
Идентификатор в ИС "Карта Российской Науки": 00032796
WoS Researcher ID: A-1612-2014
Scopus ID: 6602107250
ORCID: 0000-0001-6197-7374
Наукометрические показатели:
Web of Science
индекс Хирша - 7
количество публикаций - 37
число цитирований - 300
Scopus
индекс Хирша - 10
количество публикаций - 89
число цитирований - 634
РИНЦ
индекс Хирша - 12
количество публикаций - 236
число цитирований – 1043
Научные достижения (премии, награды):
2013 г. – Благодарность Ректора За развитие международного сотрудничества;
2013 г. - Благодарность Ректора За организацию и проведение IY Фестиваля Науки
2013 г. - Благодарность Ректора За развитие биоинформационных технологий в Южном федеральном университете
2012 г. - Почетное звание «Лучший изобретатель Дона» За активное участие в изобретательской деятельности
2012 г. - Малая золотая медаль «РосБиоТех-2012» (Биоинформационная технология поиска взаимосвязи сценариев организации в геномах животных и человека некодирующей ДНК и кодирующей белок ДНК)
2012 г. - Диплом «100 лучших патентов России» За разработку «Способа выявления предрасположенности к длительным физическим нагрузкам»
2010 г. - Благодарственное письмо За организацию и проведение Школы молодых инноваторов «Юный Эйнштейн»
2009 г. - Cтипендия Фонда целевого капитала ЮФУ За результаты реализации программы развития ЮФУ в 2009
2009 г. - Медаль академика С. П. Королева Федерации Космонавтики За заслуги перед отечественной космонавтикой
2008 г. - Лауреат программы банка «Центр- инвест» и Южного федерального университета «ЮФУ-2020» За публичную лекцию «Геномика - ключ к пониманию жизни»
2007 г. - Нагрудный знак «Почётный работник высшего профессионального образования Российской Федерации» За заслуги в области образования
2000 г. - Премия Южного федерального университета «Лучшая НИР года»
1998 г., 1999 г. - Соросовский доцент
Членство в редколлегиях:
Главный редактор журнала «Живые и биокосные системы»;
Член редколегии журнала «Научная мысль Кавказа»;
Член редакционного совета журнала "Валеология";
Член экспертного совета по инновационной деятельности при Администрации Ростовской области.
Членство в программных и организационных комитетах международных конференций:
Председатель Оргкомитета VIII Научно-практической конфренции с международным участием "Генетика - фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции" (Ростов-на-Дону, 26-29 сентября 2019)
Член Программного комитета VII Съезда Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященного 100-летию кафедры генетики СПбГУ (Санкт-Петербург, 18-22 июня 2019)
Председатель Оргкомитета VII Научно-практической конфренции с международным участием "Генетика - фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции" (Ростов-на-Дону, 2-4 ноября 2017)
Сопредседатель конференции "Фармакогенетика и персонализованная медицина - индивидуальный подбор лекарственных средств" (Ростов-на-Дону, 16 марта 2016)
Председатель оргкомитета VI Международной научно-практической конференции "Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины" (Ростов-на-Дону, 1-3 октября 2015)
Член Программного комитета VI Съезда Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС) (Ростов-на-Дону, 15-20 июня 2014)
Председатель оргкомитета V Международной научно-практической конференции "Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины" (Ростов-на-Дону, 3-5 октября 2013)
Член Программного комитета Научной конференции «Молекулярно-генетические подходы в таксономии и экологии» (Ростов-на-Дону, 25-29 марта 2013)
Член Программного комитета International young scientists conference «Perspectives for development of molecular and cellular biology-3» (Ереван, Армения, 26-29 сентября 2012)
Председатель оргкомитета IV Международной научно-практической конференции «Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины» (Ростов-на-Дону, 22-25 сентября 2011)
Член оргкомитета VI Съезд Российского общества медицинских генетиков (Ростов-на-Дону, 15-18 мая 2010)
Председатель оргкомитета III Международной научно-практической конференции «Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины» (Ростов-на-Дону, 1-4 октября 2009)
Опыт по подготовке докторов наук:
Машкина Е.В. Молекулярно-генетические предикторы репродуктивных потерь: дисс. докт. биол. наук: 03.02.07 - генетика / Е.В. Машкина. - Белгород, 2015. - 204 с.
Опыт по подготовке кандидатов наук:
Абд Али Алаа Хашим Абд Али. Межгенные взаимодействия при ожирении у детей: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.02.07 - генетика / Абд Али Алаа Хашим Абд Али. - Ростов-на-Дону, 2022.- 21 с.
Чмыхало В.К. Модуляция экспрессии генов-регуляторов эпителиально-мезенхимального перехода каскадами HIF1A и NF-KB и их агонистами и антагонистами: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.02.07 - генетика / В.К. Чмыхало. - Ростов-на-Дону, 2022.- 23 с.
Романов Д.Е. Анализ связи между структурно-функциональной организацией генома в окрестностях регулирующих рост генов и морфо-физиологическими характеристиками млекопитающих: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.00.15 - генетика / Д.Е. Романов. - Москва, 2020.- 25 с.
Гончарова А.С. Диагностическая значимость факторов роста и дифференцировки клеток при различных вариантах течения беременности: автореф. дисс. канд. биол. наук: 14.03.10 – клиническая лабораторная диагностика / А.С. Гончарова. - Москва, 2017. - 24 с.
Золотухин П.В. Особенности окислительного статуса и регуляции транскриптома в процессе беременности: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.03.01 – физиология / П.В. Золотухин. - Майкоп, 2014. - 23 с.
Нгуен Тхи Чанг. Особенности развития окислительного стресса и генетические маркеры предрасположенности к ишемической болезни сердца у лиц пожилого и старческого возраста Ростовской области: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.01.04 - биохимия, 03.02.07 - генетика / Нгуен Тхи Чанг. - Ростов-на-Дону, 2012. - 22 с.
Деревянчук Е.Г. Эпигенетические, молекулярно-генетические и биохимические критерии нарушений эмбриогенеза человека: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.03.05 - биология развития, эмбриология / Е.Г. Деревянчук. - Ставрополь, 2012. - 18 с.
Бутенко Е.В. Динамика грелина, лептина и гормонов роста в эмбриогенезе человека: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.03.05 – биология развития, эмбриология / Е.В. Бутенко. - Ставрополь, 2012. - 17 с.
Ломтева С.В. Изучение роли аллантоина в процессе репродукции человека: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.03.05 - биология развития, эмбриология / С.В. Ломтева. - Ставрополь, 2010. - 18 с.
Гутникова Л.В. Исследование прогностических биохимических и молекулярно-генетических маркеров эмбриогенеза человека: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.03.05 – биология развития, эмбриология / Л.В. Гутникова - Ставрополь, 2010. - 19 с.
Волосовцова Г.И. Роль свободнорадикальных процессов в формировании устойчивости к окислительному стрессу у потомков предадаптированных животных: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.00.04 - биохимия / Г.И. Волосовцова. - Ростов-на-Дону, 2009. - 22 с.
Азарова А.Э. Свободно-радикальные и мутационные процессы у животных, предадаптированных к окислительному стрессу: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.00.04 - биохимия, 03.00.15 - генетика / А.Э. Азарова. - Ростов-на-Дону, 2005. - 23 с.
Вардуни Т.В. Перестройки хромосом в клетках высших растений как показатель мониторинга мутагенов окружающей среды: автореф. дисс. канд. биол. наук: 03.00.16 - экология / Т.В. Вардуни. - Воронеж, 1997. - 24 с.
Руководитель НИР:
ФЦП
"Создание биоинформационной технологии поиска взаимосвязанных сценариев организации в геномах животных и человека некодирующей ДНК и кодирующей белок ДНК" (ГК № 14.740.11.0006, 01.10.2010 - 31.12.2012; 8 млн)
"Разработка технологии мониторинга репродуктивной функции человека и развития плода с использованием новых геномных и постгеномных маркеров" (ГК № 02.740.11.0501, 18.11.2009 - 31.12.2011; 12,5 млн)
РНФ
"Изучение вариабельности митохондриальной ДНК на основе анализа митохондриального генома при атеросклерозе и ассоциированными с ним заболеваниями и состояниями" (Соглашение № 15-15-10022, 01.07.2015 - 31.12.2017; 24 млн)
Фонд содействия развитию МП в НТС
"Биомедицинские технологии ранней диагностики заболеваний и поиски способов их коррекции" (ГК № 11758р/16769, 01.09.2013 - 31.03.2014; 1,5 млн)
"Разработка биохимических и генетических тест-систем для клинической медицины" (ГК № 8693р/13152, 01.01.2011 - 31.12.2011; 0,9 млн)
"Исследование молекулярных основ функционирования биологических систем и разработка биотехнологических продуктов в области прикладной биологии и медицины" (ГК № 8170р/13632, 01.07.2010 - 31.12.2011; 1,8 млн)
РФФИ
"Проект организации Научно-практической конференции с международным участием "Генетика - фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции" (19.09.2017 - 04.11.2017; 0,25 млн)
"Проект организации VI Международной научно-практической конференции "Высокие технологии и фундаментальные исследования в биомедицине" (15.04.2015 - 10.10.2015; 0,25 млн)
Госзадание
"Биохимические и молекулярно-генетические исследования ожирения и повышенной заболеваемости подростков, и нарушений репродуктивного здоровья жителей Ростовской области" (БЧ № 0852-2020-0028, 01.04.2020 - 30.03.2022)
"Исследование функциональной роли генетических полиморфизмов и микроРНК в геноме человека и животных" (6.6762.2017/БЧ; 01.01.2017 - 31.12.2019; 19,723 млн)
"Поиск новых мишеней для предиктивной диагностики заболеваний репродуктивной системы" (ПЧ № 6.703.2014/K; 01.01.2014 - 31.12.2016; 15 млн)
"Исследование прогностических геномных и постгеномных маркеров эмбриогенеза человека" (01.01.2011 - 31.12.2012; 3,5 млн)
DAAD
"Изучение методов регуляции генома" (01.01.2014 - 31.12.2016; 0,7 млн)
Избранные научные публикации:
1. Shkurat T. P. et al. The Role of Genetic Variants in the Long Non-Coding RNA Genes MALAT1 and H19 in the Pathogenesis of Childhood Obesity //Non-coding RNA. – 2023. – Т. 9. – №. 2. – С. 22.
2. Ali RM Association of CYP17 gene polymorphism (rs743572) with polycystic ovary syndrome / Ali RM, Shkurat T.P., Aleksandrova A.A., Bugrimova ES, Lomteva S.V., Ammar MN // Meta Gene. — 2022. — № 31. URL: https://doi.org/10.1016/j.mgene.2021.100996
3. Ammar MN Genetic association of rs564398 polymorphism of the ANRIL long non-coding RNA gene and risk of type 2 diabetes: A meta-analysis / Ammar MN, Lipovich L, Shkurat T.P., Ali RM // Meta Gene. — 2022. — Vol. 31, URL: https://doi.org/10.1016/j.mgene.2021.100997
4. Makarova IuA Study of the cytokine genes SNPs association with the characteristics of the immunological status of children with recurrent respiratory infection / Makarova IuA, Teplyakova ED, Kazumian MA, Lyangasova O.V., Aleksandrova A.A., Mashkina E.V., Shkurat T.P. // Research Results in Biomedicine. — 2022. — № 8 (3). URL: https://doi.org/10.18413/2658-6533-2022-8-3-0-3
5. Belanova A.A. Trimethylglycine betaine effects on NFkB, HIF1A and NFE2L2/AP-1 pathways, mitochondrial activity, glucose import, and levels of ROS, thiols and lipids in HeLa cells / Belanova A.A., Chmyhalo V.K., Shkurat T.P., Trotsenko A, Zolotukhin P.V. // Gene Reports. — 2022. — Vol. 28, URL: https://doi.org/10.1016/j.genrep.2022.101654
6. Alset D The Effect of Estrogen-Related Genetic Variants on the Development of Uterine Leiomyoma: Meta-analysis / Alset D, Pokudina I.O., Butenko E.V., Shkurat T.P. // Reproductive Sciences. — 2022. — Vol. 29, URL: https://doi.org/10.1007/s43032-022-00911-4
7. Najm AR Study genetic polymorphisms IL-1beta, IL-28 and susceptibility to antibiotics of Staphylococcus aureus in children with recurrent respiratory infections / Najm AR, Pokudina I.O., Abd Ali AH, Alset D, Shkurat T.P. // Gene Reports. — 2022. — Vol. 27, URL: https://doi.org/10.1016/j.genrep.2022.101593
8. Ammar M.N. Association of the ADIPOQ-AS LncRNA polymorphism rs2241766 with obesity: A Meta-analysis / Ammar M.N., Lipovich L., Ali R.M., Amelina M.A., Shkurat T.P. // Human Gene. — 2022. — Vol. 34, URL: https://doi.org/10.1016/j.humgen.2022.201114
9. Bocharova OV Features of cardiometabolic disorders in obesity on the example of the children’s population of the Rostov region / Bocharova OV, Teplyakova ED, Shkurat T.P., Karantysh G.V., Abd Ali AH // Medical Herald of the South of Russia. — 2022. — № 13 (2). URL: https://doi.org/10.21886/2219-8075-2022-13-2-102-112
10. Ali A.H.A. Study and Investigation of Ser447Ter Lipoprotein Lipase Gene Polymorphism, and Obesity in Children and Adolescents / Ali A.H.A., Teplyakova E.D., Bocharova O.V., Шкурат Т.П., Karantysh G.V., Najm, A.R. // International Journal of Drug Delivery Technology. — 2022. — № 12(2). URL: https://doi.org/10.25258/ijddt.12.2.12
11. Nadeim A Expression of circulating microRNAs as diagnostic markers of prеeclampsia: a mеtа-analysis / Nadeim A, Shkurat T.P. // Acta Biologica Szegediensis. — 2022. — T. 66(1) — С. 29-36.
Alaa Hashim Abd Ali Association analysis of FTO gene polymorphisms rs9939609 and obesity risk among the adults: A systematic review and meta-analysis / Alaa Hashim Abd Ali, Shkurat T.P., Ali Hafedh Abbas // Meta Gene. — 2021. — № 27. URL: https://doi.org/10.1016/j.mgene.2020.100832
12. Sherchkova T.A. Role of XRCC1, XPC, NBN gene polymorphisms in spermatogenesis / Sherchkova T.A., Grigoryan NA, Amelina M.A., Lomteva S.V., Aleksandrova A.A., Mashkina E.V., Shkurat T.P. // Gene Reports. — 2021. — Vol. 24, URL: https://doi.org/10.1016/j.genrep.2021.101238
13. Novikova IA Maternal energy metabolism and angiogenesis genes polymorphisms in fetal growth restriction / Novikova IA, Alset D, Shkurat T.P., Pokudina I.O., Butenko E.V., Kuznetsova NB, Zabanova EA // Gene Reports. — 2021. — URL: DOI: 10.1016/J.GENREP.2021.101170
14. Savikina KG Association of CAT C262T (rs1001179) polymorphism with male infertility: Meta-analysis / Savikina KG, Abd Ali AH, Shkurat T.P., Lomteva S.V., Karantysh GV // Meta Gene. — 2021. — Vol. 30, URL: DOI:10.1016/j.mgene.2021.100974
15. Alaa Hashim Abd Ali The association between the genes LPL Ser447Ter, CMA1-1903A > G, FTO rs9939609 and obesity in the Rostov region from Russia / Alaa Hashim Abd Ali, Shkurat T.P., Karantysh G.V., Ali Hafedh Abbas // Gene Reports. — 2021. — Vol. 25, URL: https://doi.org/10.1016/j.genrep.2021.101324
16. Bushtyreva I.O. Placenta-specific micro-RNA expression in fetal growth restriction / Bushtyreva I.O., Kuznetsova N.B., Zabanova E.A., Butenko E.V., Pokudina I.O., Shkurat T.P. // Obstetrics and Gynegology. — 2021. — № 2. URL: https://dx.doi.org/10.18565/aig.2021.2.128-134
17. Semernik O.E. The role of mutations in metalloproteinases and the epithelial growth factor receptor genes in the pathogenesis of children bronchial asthma / Semernik O.E., Lebedenko A.A., Shkurat T.P., Mashkina E.V., Dreyzina T.K. // Pulmonologiya. — 2020. — Vol. 30, № 1. URL: DOI: 10.18093/0869-0189-2020-30-1-17-22
18. Romanov D.E. Genome distance between growth-regulating genes and telomeres is correlated with morpho-physiological traits in mammals / Romanov D.E., Butenko E.V., Shkurat T.P. // Gene Reports. — 2019. — № 14. URL: https://doi.org/10.1016/j.genrep.2018.12.006
19. Romanov D.E. Genome distance between conserved elements in neighborhoods of growth-regulating genes is correlated with morpho-physiological traits in mammals / Romanov D.E., Butenko E.V., Bakhtadze G.B., Shkurat T.P. // Gene Reports. — 2019. — Vol. 17, URL: https://doi.org/10.1016/j.genrep.2019.100508
20. Sazonova MA Creation of Cybrid Cultures Containing mtDNA Mutations m.12315G > A and m.1555G > A, Associated with Atherosclerosis / Sazonova MA, Sinyov VV, Ryzhkova AI, Sazonova MD, Khasanova ZB, Shkurat T.P., Karagodin VP, Orekhov AN, Sobenin IA // BIOMOLECULES. — 2019. — Vol. 9, № 9. URL: DOI: 10.3390/biom9090499
21. Bordaeva OY Association of IL–10 and F2 and F5 Blood Clotting Factors Genes Polymorphisms with Pre-Eclampsia Risk / Bordaeva OY, Umanskiy MN, Derevyanchuk E.G., Shkurat T.P. // Online Journal of Health and Allied Sciences. — 2019. — Vol. 18, № 2. URL: https://www.ojhas.org/issue70/2019-2-5.html
22. Sazonova M.A. Mitochondrial Genome Mutations Associated with Myocardial Infarction / Sazonova M.A., Ryzhkova A.I., Sinyov V.V., Galitsyna E.V., Melnichenko A.A., Demakova N.A., Sobenin I.A., Shkurat T.P., Orekhov A.N. // Disease Markers. — 2018. — URL: https://www.hindawi.com/journals/dm/2018/9749457/abs/
23. Lebedenko AA Transforming Growth Factor B: Clinical Significance and Peculiarities of Inheritance in Children with Atopic Dermatitis / Lebedenko AA, Shkurat T.P., Mashkina E.V., Semernik OE, Dreyzina TK, Ivanova DN // Online Journal of Health and Allied Sciences. — 2018. — № 17 (1). URL: https://www.ojhas.org/issue65/2018-1-5.html
24. Trang NT Application of Next Generation Sequencing Upon the Detection of Deafness Genes in Vietnamese Children with Non-syndromic Hearing Loss / Trang NT, Thanh CM, Hanh PVH, Nhan NT, Giang VT, Lyangasova O.V., Shkurat T.P. // Online Journal of Health and Allied Sciences. — 2018. — № 17 (1). URL: https://www.ojhas.org/issue65/2018-1-6.html
25. Kirichenko T.V. Data on association of mitochondrial heteroplasmy and cardiovascular risk factors: Comparison of samples from Russian and Mexican populations / Kirichenko T.V., Sobenin I.A., Khasanova Z.B., Orekhova V.A., Melnichenko A.A., Demakova N.A., Grechko A.V., Orekhov A.N., Ble Castillo J.L.f, Shkurat T.P. // Data in Brief. — 2018. — № 18. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29896485
26. Chistiakov D.A. The role of mitochondrial dysfunction in cardiovascular disease: a brief review / Chistiakov D.A., Shkurat T.P., Melnichenko A.A., Grechko A.V., Orekhov A.N. // Annals of Medicine. — 2018. — Vol. 50, № 2. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29237304
27. Lebedenko A.A. An analysis of association between growth factor gene polymorphisms and a risk of bronchial asthma in children / Lebedenko A.A., Shkurat T.P., Mashkina E.V., Semernik O.E., Dreyzina T.K. // Pulmonologiya. — 2018. — Vol. 28, № 1. URL: http://journal.pulmonology.ru/pulm/article/view/956
28. Lebedenko A.A. The study of arg25pro polymorphism gene of transforming growth factor beta1 in children with bronchial asthma / Lebedenko A.A., Shkurat T.P., Mashkina E.V., Semernik O.E., Dreyzina T.K. // Medical News of North Caucasus. — 2018. — Vol. 13, № 2. URL: DOI: 10.14300/mnnc.2018.13050
29. Lebedenko A.A. Association of matrix metalloproteinases gene polymorphism with clinical manifestations of bronchial asthma in children / Lebedenko A.A., Shkurat T.P., Mashkina E.V., Semernik O.E., Dreyzina T.K., Tyurina E.B. // Medical Immunology (Russia). — 2018. — Vol. 20, № 6.
30. Ryzhkova AI Mitochondrial diseases caused by mtDNA mutations: a mini-review / Ryzhkova AI, Sazonova MA, Sinyov VV, Galitsyna EV, Chicheva MM, Melnichenko AA, Grechko AV, Postnov AY, Orekhov AN, Shkurat T.P. // THERAPEUTICS AND CLINICAL RISK MANAGEMENT. — 2018. — Vol. 14, URL: DOI: 10.2147/TCRM.S154863
Публикации автора:
-
Структурный и филогенетический анализ генов WNT1 и WNT3A у человека и мыши
Генетика семейства WNT играет ключевую роль в развитии организма, клеточной дифференцировке и сигнальной передаче. Настоящая работа посвящена сравнению последовательностей и структур двух ключевых представителей этого семейства — генов WNT1 и WNT3A, изученных на моделях мышей (Mus musculus) и человека (Homo sapiens). Мы провели сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей указанных генов, используя методы биоинформатики, включая выравнивание последовательностей и филогенетический анализ. Сравнительный биоинформатический анализ генов WNT1/Wnt1 и WNT3A/Wnt3a у человека и мыши продемонстрировал высокую степень консервативности функционально значимых элементов, особенно в экзонах и промоторных регионах, несмотря на общую дивергенцию некодирующих последовательностей. Для гена WNT1/Wnt1 выявлена равномерная высокая идентичность (77.42%) и GC-богатые мотивы, подчёркивающие его роль в нейрогенезе, в то время как ген WNT3A/Wnt3a характеризуется островковой консервативностью (51.27%) и обогащением GC в мотивах, что отражает пластичность регуляции. Полученные результаты демонстрируют высокую степень гомологии и функциональной консервативности исследуемых генов у обоих видов, подчёркивая важность дальнейших исследований их роли в биологии развития и патологических процессах.
-
Анализ межгенных взаимодействий полиморфных локусов генов TYK2, miR-146a и miR-155 у пациентов с разной степенью течения коронавирусной инфекции COVID-19
Введение: Накопленные данные свидетельствуют о том, что наряду с возрастом, полом и сопутствующими заболеваниями существенное влияние на тяжесть COVID-19 оказывают генетические особенности организма хозяина, однако механизмы, определяющие индивидуальную вариабельность клинических проявлений инфекции, остаются предметом активного изучения.
Цель: оценить ассоциации генетических вариантов TYK2 rs11085727, miR-146a rs2910164 и miR-155 rs767649 с тяжестью течения COVID-19, а также изучить возможные межгенные взаимодействия между указанными локусами.
Материалы и методы. В исследование включены 217 пациентов, перенёсших COVID-19 (113 - с лёгким течением, 104 - с тяжёлым). Генотипирование проводили методом оценки длины рестрикционных фрагментов (TYK2) и аллель-специфической ПЦР (miR-146a, miR-155). Для изучения межгенных взаимодействий использовали алгоритм многомерного снижения размерности (Multifactor Dimensionality Reduction - MDR) версии 3.0.2 (He et al., 2009). Статистическую обработку проводили с использованием критерия χ², точного критерия Фишера, расчёта отношения шансов (OR) с 95% доверительным интервалом.
Результаты: Анализ отдельных полиморфных локусов не выявил статистически значимых ассоциаций с тяжестью COVID-19, однако для гена TYK2 rs11085727 отмечена тенденция к протективному эффекту минорного аллеля T (p = 0,078). MDR-анализ выявил трёхлокусную эпистатическую модель (TYK2, miR-146a, miR-155) со сбалансированной точностью 0,675. Комбинация генотипов геновTYK2(CC), miR-146a(GG) и miR-155(TT) ассоциирована с повышенным риском тяжёлого течения COVID-19: OR = 2,24 (95% ДИ: 1,00–5,03; p = 0,044). Заключение: Эпистатические взаимодействия между генами TYK2, miR-146a и miR-155 вносят вклад в формирование тяжести течения COVID-19, что обосновывает дальнейшее изучение межгенных взаимодействий в патогенезе коронавирусной инфекции
-
Изучение локусов длинных некодирующих РНК, ассоциированных с долголетием по результатам полногеномных исследований (GWAS)
Цель исследования — систематизировать GWAS-значимые локусы длинных некодирующих РНК, ассоциированных с продолжительностью жизни, долголетием родителей и биомаркерами старения у человека. Данные были отобраны из GWAS каталога и библиографических баз данных с использованием критерия значимости на уровне всего генома p ≤ 5 × 10⁻⁸. Для каждого локуса оценивали ассоциированный признак, эффект-аллель, численность выборки, этническое происхождение участников и уровень доказательности с долголетием. Наиболее убедительными локусами гена CDKN2B-AS1 длинной некодирующей РНК являются rs1556516-G; rs1556516-G; rs1333042-A; rs7859727-C ассоцированные с долголетием. Локусы rs12696304-G гена TERC и rs75517899-C гена MIR31HG имеют сильную биологическую значимость при оценке долголетия, но их вклад следует интерпретировать преимущественно как длину теломер и эпигенетический возраст.
-
Изучение локусов, ассоциированных с долголетием по результатам полногеномных ассоциативных исследований (GWAS).
Целью данной работы является изучение локусов, ассоциированных с долголетием человека по результатам полногеномных ассоциативных исследований (GWAS) в различных популяциях. Анализ крупных общегеномных ассоциативных исследований (GWAS) привел к выявлению некоторых генов, потенциально ассоциированных со старением. Проведенный анализ крупных полногеномных ассоциативных исследований (GWAS) позволил подтвердить ассоциацию с продолжительностью жизни полиморфных вариантов в гене, кодирующем аполипопротеин Е (APOE).
-
Некодирующие регуляторные элементы гена AMH у человека и мыши: консервативные и видоспецифичные участки, связанные с числом овуляторных фолликулов
Работа направлена на выявление некодирующих цис‑регуляторных элементов гена AMH у человека (hg39) и мыши (mm39) и оценку их возможной связи с межвидовыми различиями в числе овуляторных фолликулов (моноовуляция у человека против 8–10 ооцитов за цикл у мыши).Геномные локусы AMH извлекали из UCSC Genome Browser, последовательности формировали в FASTA и выравнивали MAFFT. Консервативность оценивали парной процентной идентичностью, включая скользящее окно 100 нт с шагом 50 нт; дополнительно рассчитывали GC‑состав и частоты 3‑меров, а полностью консервативные отрезки длиной ≥6 нт рассматривали как кандидаты регуляторных мотивов.Выравнивание охватило 2769 п.н.; из 2421 сравнимой позиции совпало 1641, что соответствует 67,782% идентичности; выявлены 348 пропусков, преимущественно в интронных участках.Последовательность человека характеризовалась более высоким GC‑содержанием, тогда как у мыши преобладали A/T. Обнаружено 77 полностью консервативных фрагментов (суммарно 767 п.н.), с кластеризацией коротких мотивов в предполагаемой промоторной зоне (позиции ~56–375) и наличием протяжённого 38‑нуклеотидного мотива в 3′‑области. Профиль идентичности был волнообразным, с регионами существенной дивергенции (до ~40–45%) и локальными пиками консервации (до ~80%). Сделан вывод, что консервативные домены поддерживают базовую функцию AMH, тогда как видоспецифичные некодирующие вариации могут участвовать в настройке темпов рекрутирования и созревания фолликулов, потенциально влияя на число овуляций.
-
Исследование CpG-островков в промоторных областях тканеспецифичных генов и генов домашнего хозяйства человека
Представлен сравнительный анализ структуры и распределения CpG-островков в промоторных областях двух крупных групп генов человека — тканеспецифичных и генов домашнего хозяйства. CpG-островки, представляющие собой GC-обогащённые и неметилированные участки ДНК, играют ключевую роль в регуляции транскрипции и поддержании открытой хроматиновой структуры. Проанализировано 740 тканеспецифичных генов (разделённых по уровню Tau-специфичности) и 500 генов домашнего хозяйства. Для областей TSS200 и TSS1500 были определены наличие и количество CpG-островков, их длина и расстояние до сайта начала транскрипции. Поиск островков выполнялся с использованием Cpgplot, а статистические различия оценивались χ²-критерием, тестом Краскела–Уоллиса и Post-hoc анализом. Исследование выявило глубокие и статистически значимые различия между группами генов. Домашние гены значительно чаще содержали CpG-островки: 92% — в TSS200 и 33.4% — в TSS1500, тогда как у высокоспецифичных тканевых генов эти показатели составляли 15.1% и 7.9% соответственно. Длина CpG-островков также оказалась максимальной у генов домашнего хозяйства (в среднем 723 п.н. в TSS200), уменьшаясь по мере роста тканевой специфичности. Найдена выраженная закономерность: чем более специфично экспрессируется ген, тем реже в его промоторных областях обнаруживаются CpG-островки и тем они короче. Это подтверждает модель, согласно которой стабильная экспрессия генов домашнего хозяйства поддерживается через CpG-островки и связанную с ними открытую хроматиновую структуру, тогда как тканеспецифичные гены опираются на более жёсткие и локализованные механизмы эпигенетической регуляции. В целом статья демонстрирует, что распределение CpG-островков тесно связано с профилем экспрессии генов и отражает фундаментальные различия в организации регуляторных регионов разных функциональных групп.
-
Генетические варианты TYK2 как предикторы тяжелой формы COVID-19
В обзоре обобщены представления о роли вариантов гена TYK2 в развитии критического фенотипа COVID-19 - тяжелой формы заболевания. Рассмотрена роль тирозинкиназы 2 в функционировании сигнального пути JAK-STAT и дана молекулярная характеристика фермента. Показано, что миссенс-варианты гена TYK2 - rs12720356-С, rs2304255-Т, rs2304256-А, rs34536443-С, rs35018800-А, связанные с важнейшими доменами фермента - киназным, псевдокиназным и FERM, - ассоциированы с развитием тяжелой формы COVID-19. Генетические варианты TYK2, локализованные в интронных и некодирующих областях гена (rs11085727-Т, rs12720270-G, rs12720358-T, rs280500-AG, rs74956615-A) также ассоциированы с тяжелой формой коронавирусной болезни. Напротив, полиморфные локусы rs280519-AG и rs8108236-АА ассоциированы с пониженным риском развития тяжелой формы COVID-19.
-
Идентификация транскриптов микроРНК в гранулезных клетках кумулюса при синдроме поликистозных яичников
Дисфункция гранулезных клеток является основным патологическим признаком синдрома поликистозных яичников (СПКЯ). В полногеномном транскриптомном профилировании были исследованы биологические образцы гранулезных клеток кумулюса, полученные во время пункции фолликулов при процедурах ЭКО от 5 женщин c СПКЯ и 5 женщин контрольной группы. Секвенирование РНК проводилось на платформе Miseq (Illumina). Микро РНК с результатами анализа log2 fold change (log2 FC) >2 оценивали как микроРНК с повышенной экспрессией при СПКЯ по сравнению с контролем, микроРНК с log2 (FC) <-2 были определены как микроРНК с пониженной экспрессией. Обнаружено 29 микроРНК с повышенной экспрессией и 17 микроРНК с пониженной экспрессией.
На основе проведенных исследований транскриптомного профиля и анализа данных литературы мы выделяем следующие микро РНК, которые могут быть вовлечены в развитие СПКЯ, а в дальнейшем могут быть эффективными мишенями для диагностики и лечения СПКЯ: miR-508-3p; hsa-miR-508-5p; hsa-miR-509-5p; hsa-miR-509-3p; hsa-miR-424-3p; miR-133a-3p; miR-let-7d-3p; hsa-let-7d-3p; hsa-miR-92a-3p; hsa-miR-483-5p.
-
Ассоциация материнского полиморфизма AGT rs699 и преэклампсии: мета-анализ
Введение: Преэклампсия (ПЭ), гипертензивное расстройство, связанное с беременностью, является одной из основных причин материнской и неонатальной заболеваемости и смертности. Проводимые исследования генетических факторов, лежащих в основе этого заболевания, имеют большое значение, однако изучение роли полиморфизма гена ренин-ангиотензиновой системы (rs699) дало разнообразные и неубедительные результаты, а также расхождения в результатах в различных географических и этнических популяциях. Цель исследования: Данный мета-анализ направлен на установление более надежной и достоверной корреляции между полиморфизмом AGT (rs699) и риском развития ПЭ. Материалы и методы: Всесторонний поиск релевантных исследований был проведен в электронных базах данных в период с января 2017 года по декабрь 2024 года. Всего в мета-анализ было включено 13 исследований. Для оценки силы ассоциации с помощью пяти генетических моделей были рассчитаны коэффициенты вероятности (OR) и 95 % доверительные интервалы (CI), а также проведен тест на гетерогенность. Результаты: Полиморфизм AGT rs699 был значительно связан с риском ПЭ во всех генетических моделях (доминантный ОR = 1,73, 95 % СI [1,45-2,05], p<0,00001; аллельный ОR = 1,48, 95 % СI [1,25-1,74], p<0,0001; рецессивный ОR = 1,46, 95 % СI [1,14-1,87], p = 0,03; гомозиготный ОR = 2,03, 95 % СI [1,37-3,00], p = 0,0004; гетерозиготный ОR = 1,26, 95 % СI [1,05-1,52], p <0,00001). В двух генетических моделях (доминантной и гетерозиготной, I2 = 18 % и 0 % соответственно) гетерогенности не наблюдалось. При анализе подгрупп был выявлен ряд значимых ассоциаций. Однако анализ подгрупп по расовому признаку показал отсутствие значимых ассоциаций в монголоидной и негроидной подгруппах. Следует отметить, что в этих конкретных подгруппах было проанализировано только одно исследование, что может ограничить надежность полученных результатов. Отсутствие признаков смещения публикаций Тест Эггера p-значение > 0,05 во всех генетических моделях. Выводы: Полученные нами результаты свидетельствуют о том, что полиморфизм AGT rs699 достоверно ассоциирован с повышенным риском развития ПЭ. Этот повышенный риск также наблюдался во всех анализируемых подгруппах, за исключением негроидной и монголоидной расовых подгрупп.
-
Изучение локусов, ассоциированных с синдромом поликистозных яичников по результатам полногеномных ассоциативных исследований (GWAS)
Целью данной работы является изучение локусов, ассоциированных с синдромом поликистозных яичников по результатам полногеномных ассоциативных исследований (GWAS) в различных популяциях. Используя генотипические данные из ранее опубликованных исследований поиска ассоциаций с СПКЯ, мы исследовали, существуют ли воспроизводимые генетические ассоциации. Приведен анализ количества совпадений генов и SNP в различных GWAS исследованиях, представленных в браузере (https://www.ebi.ac.uk/gwas). Использую структурную информацию Gene Ontology (GO) представлена классификация генов ассоциированных с СПКЯ по их функциям и определены связи между этими генами.
-
Особенности регуляции системы цитохромов P450 при COVID-19: генетические и метаболические аспекты.
В обзоре рассмотрена общая характеристика системы цитохромов Р450, генетическая изменчивость генов CYP. Показана исключительная важность данной системы в молекулярном патогенезе COVID-19. Проанализированы исследования авторов, свидетельствующие о важной роли генетической вариабельности системы CYP в предрасположенности к риску заражения SARS-CoV-2, а также влиянии на тяжесть заболевания. Рассмотрены данные исследований об ингибирующем влиянии провоспалительных цитокинов при COVID-19 на активность ферментов Р450, что способствует развитию глубоких метаболических нарушений при коронавирусной болезни.
-
Генетическая эпидемиология полногеномных ассоциативных исследований с тяжестью течения COVID-19 (обзор GWAS исследований)
Прошло уже более четырех лет с начала эпидемии COVID-19. Клинические и генетические данные о пациентах продолжают накапливаться, но при этом мы только в самом начале нашего понимания генетических механизмов, лежащих в основе инфекции. Цель исследования: Анализ генетических исследований на основе полногеномных ассоциативных исследований (GWAS) проведенных в различных популяциях мира, для выявления ассоциаций наиболее часто встречающихся полиморфных вариантов генов у пациентов с тяжелым течением COVID-19. GWAS исследования проведенные в различных странах мира, выявили более 4 тысяч полиморфных вариантов различных генов ассоциированных с тяжелым течением COVID-19. Нами отмечено низкое совпадением полиморфных маркеров в опубликованных 274 исследованиях ассоциаций (GWAS). Так чаще всех в GWAS исследованиях регистрировали полиморфные маркеры в гене ZTFL1, они были отмечены в 53 исследованиях из 274, что составило 19,3%, совпадения полиморфных вариантов гена SLC6A20 отмечены в 10,4%, а для протекторного полиморфного локуса O (1) гена АВО совпадение составило 9% от числа всех GWAS исследований. В патогенез тяжести течения COVID-19 вовлечены не только полиморфные варианты белок кодирующих генов, но и полиморфные варианты функциональных элементов некодирующего и митохондриального генома.
-
Association of MIR125A and H19 genetic variants with the severity of COVID-19
Коронавирусная инфекция 2019 (COVID-19) — инфекционное заболевание, вызываемое коронавирусом тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2). Было выявлено несколько факторов риска восприимчивости и тяжести COVID-19, включая возраст, пол, сопутствующие заболевания и генетическую предрасположенность хозяина. Целью текущего исследования было изучение ассоциации однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) генов микроРНК 125a и длинной некодирующей РНК H19 с тяжестью течения COVID-19. Пациенты были разделены на две группы с легкими и тяжелыми симптомами COVID-19. Генотипирование проводилось с использованием аллель-специфической полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени, а также был проведен анализ многофакторного снижения размерности (MDR) для оценки моделей межгенных взаимодействия между изучаемыми полиморфизмами. Результаты показали значительную ассоциацию H19 rs217727 с тяжестью течения COVID-19 (p = 0,003). Носители MIR125A TC * H19 CC с большей вероятностью имели легкие симптомы, тогда как носители MIR125A TC * H19 CT имели более высокий риск тяжелого течения COVID-19. Результаты текущего исследования могут способствовать лучшему пониманию патогенеза COVID-19.
-
Association of common OGG1 and SOD2 polymorphisms with Preeclampsia in Russian pregnant women from Rostov region
Введение: Преэклампсия (ПЭ) - специфическое для беременности заболевание, характеризующееся высоким артериальным давлением и протеинурией, обычно возникающее после 20 недель беременности и являющееся наиболее распространенным серьезным медицинским осложнением беременности. Цель исследования:
Целью данного исследования было изучение ассоциации генетических вариантов SOD2 (rs4880) и OGG1 (rs1052133) с риском развития ПЭ у российских беременных женщин из Ростовской области.
Материалы и методы: Всего в исследовании проанализировано 106 образцов (60 беременных с нормотензией и 46 беременных с преэклампсией). Генотипирование полиморфизмов (rs1052133) и (rs4880) проводили методом аллель-специфической RT-PCR. Для оценки ген-генного взаимодействия между выбранными полиморфизмами использовали анализ многофакторного снижения размерности (MDR).
Результаты: Результаты исследования полиморфизма OGG1 (rs1052133) не выявили значимой ассоциации с риском ПЭ как в генотипах, так и в аллельных моделях (p>0,05). В то время как полиморфизм SOD2 (rs4880) был достоверно ассоциирован с риском ПЭ (p<0,001). Генотип SOD2 (rs4880) CC ассоциирован с повышенным риском ПЭ (OR=11,36 95 % CI [3,08-41,89]). Доминантная и рецессивная модели также связаны с повышенным риском ПЭ (OR=7,20 95 % CI [2,98-17,40]; OR=12,21 95 % CI [3,32-44,97], соответственно). В то время как генотип TT обладает протективным эффектом против развития ПЭ (OR=0,14 95 % CI [0,06-0,34]). Кроме того, частота минорного аллеля (С) была значительно выше у женщин с преэклампсией и может рассматриваться как фактор риска (p<0,001; OR=5,99 95 % CI [3,24-11,09]). По результатам MDR анализа взаимодействие генов было статистически значимым (p<0,0001).
Выводы: Полученные нами результаты свидетельствуют о значимой ассоциации между генотипами полиморфизма SOD2 rs564398 и предрасположенностью к риску развития ПЭ у российских беременных женщин из Ростовской области. Следует отметить, что данное исследование является первым, в котором изучена ассоциация полиморфизма гена OGG1 (rs1052133) с предрасположенностью к ПЭ.
-
Long Non-Coding RNA Genes ANRIL, MEG3, and NEAT1 - Novel Players in Childhood Obesity and Insulin Resistance
Введение: длинные некодирующие РНК ANRIL, MEG3 и NEAT1 вовлечены в патогенез ожирения. Ассоциация между генетическими вариантами rs564398 в ANRIL, rs7158663 в MEG3 и rs674485 в NEAT1 и риском развития ожирения у детей и подростков Российской популяции ранее не оценивалась. Цель исследования: данное исследование было проведено с целью впервые в Российской популяции оценить ассоциацию между генетическими вариантами в генах длинных некодирующих РНК (rs564398 в ANRIL, rs7158663 в MEG3 и rs674485 в NEAT1) и риском развития ожирения в детской и подростковой популяции , и их потенциальные влияния на инсулинорезистентность. Материалы и методы: генотипирование исследуемых полиморфных вариантов проводилось с использованием метода TaqMan для генотипирования. Результаты: нами были выявлены ассоциации между rs564398 гена ANRIL и rs7158663 гена MEG3 и риском развития ожирения (p < 0,0001), (p = 0,0101) соответственно. Гомозиготность по минорному аллелю CC rs564398 влияла на риск развития инсулинорезистентности (p = 0,042). Несмотря на то, что генетический вариант rs674485 в NEAT1 не проявил заметных ассоциаций, гетерозигота GA показала более высокое распределение в группе с инсулинорезистентностью по сравнению с гомозиготой мажорного аллеля GG (p = 0,047). Заключение: полученные нами результаты свидетельствуют о значимой ассоциации между полиморфными локусами rs564398 гена ANRIL и rs7158663 гена MEG3 и предрасположенностью к развитию ожирения у детей и подростков Российской популяции.
-
Ассоциация полиморфизма rs1801282 гена PPARG с риском развития атеросклероза: Мета - анализ
Метаанализ был направлен на оценку связи между полиморфизмом rs1801282 гена PPARG и риском развития атеросклероза на основе анализа данных 20 исследований случай-контроль. Поиск опубликованных исследований случай-контроль проводили в базах данных PubMed, Web of Science и Google Scholar в период с 2000 года до февраля 2022 года. Ассоциация оценивалась по статистическим критериям отношению шансов (ОШ) с 95% доверительным интервалом (ДИ).
Для проведения мета-анализа использовали программное обеспечение RevMan (Cochrane Collaboration, 5.3. Копенгаген). Для оценки связи полиморфизма PPARG Pro12Ala и риска развития атеросклероза в мета-анализ были включены 20 публикаций (двадцать исследований) с обширной выборкой 8691 случай и 11817 контролей. В целом результаты показали, что аллель Ala была связана с повышенным риском атеросклероза в азиатской популяции p=0,01, ОШ = 2.06, 95% ДИ 1.16 - 3.65; p=0,02, ОШ = 2.02, 95% ДИ 1.14 - 3.59 по сравнению с европейской популяцией.
Объединенные коэффициенты риска атеросклероза на основе доминантных, рецессивных, аллельных, гомозигогтных и гетерозиготных моделей полиморфизма rs1801282 PPARG составили (p=0,96, ОШ = 1.00, 95% ДИ 0.87 - 1.15; p=0,13, ОШ = 1.21, 95% ДИ 0.95 - 1.53; p=0,88, ОШ = 1.02, 95% ДИ 0.82 - 1.26; p=0,06, ОШ = 1.26, 95% ДИ 0.99 - 1.61; p=0,53, ОШ = 0.96, 95% ДИ 0.83 - 1.10), соответственно. Настоящий мета-анализ показал, что полиморфизм rs1801282 C/G PPARG может быть связан с риском развития атеросклероза среди населения Азии. Для подтверждения наблюдаемой связи потребуются дополнительные исследования.
-
Полиморфные варианты гена FSHR и гормональный профиль при проведении программ вспомогательных репродуктивных технологий
Целью
исследования было изучение вклада полиморфизма гена рецептора
фолликулостимулирующего гормона FSHR
в процесс формирования количества доминантных фолликулов, а также изучение
ассоциации содержания гормонов ФСГ и ЛГ в сыворотке до и после проведения гормональной
стимуляции с количеством образующихся ооцитов. В исследовании приняли участие
100 женщин с диагнозом бесплодие, в
возрасте от 24 до 42 лет, проходившие процедуру экстракорпорального
оплодотворения. С учетом овариального ответа было сформировано 3 группы
пациентов: с нормальным овариальным ответом, с гиперстимуляцией, со скудным
овариальным ответом. Анализ ДНК на наличие мутации Asn680Ser гена FSHR проводили методом анализа
полиморфизма длин рестрикционных фрагментов. Определение уровней гормонов
в сыворотке крови проводили методом иммуноферментного анализа. В группе с
нормальным овариальным ответом гомозиготами было показано следующее
распределение частот генотипов: 45,3% - AA, 39,6% - AG, 15,1% - GG. В двух
других группах характер распределения частот генотипов соответствовал
распределению в группе с нормальным ответом. Статистический анализ уровня
гормонов среди пациенток с различным типом овариального ответа показал
достоверное повышение базального уровня ФСГ и уровня ФСГ после стимуляции суперовуляции
у пациенток со скудным овариальным ответом. Содержание ЛГ в сыворотке после
стимуляции достоверно ниже в группе с нормальным овариальным. Базальный уровень
АМГ в группе с гиперстимуляцией достоверно выше по сравнению с двумя другими
группами.
-
Распространенность микро РНК в интронах и окрестностях генов CGA, FSHB, LHB, TSHB у млекопитающих с формированием различного числа доминирующих фолликулов
-
Исследование спектра мутаций гена MEFV в популяции Ростовской области
-
Распространенность сайтов связывания miRNA и lncRNA вокруг некоторых генов, ассоциированных с ожирением
Изучена локализация сайтов связывания miRNA и lncRNA вокруг генов FTO, APOC1, LIPC, LPL и APOE. Показано, что наибольшее число сайтов связывания с miRNA и lncRNA находится в цис-регуляторных участках и интронах гена FTO. Представлен перечень мотивов miRNA и lncRNA.
Выдвинута гипотеза, что количество сайтов связывания miRNA и lncRNA в интронах и цис-регуляторных районах генов коррелирует с числом тканей, в которых экспрессируется ген, и с числом функций его белка.