Поротникова А. В.

Публикации автора:

1. Некодирующие регуляторные элементы гена AMH у человека и мыши: консервативные и видоспецифичные участки, связанные с числом овуляторных фолликулов
   Поротникова А. В. Колесникова А. М. Ломтева С. В. Шкурат Т. П.
   Резюме Abstract | Скачать
   Работа направлена на выявление некодирующих цис‑регуляторных элементов гена AMH у человека (hg39) и мыши (mm39) и оценку их возможной связи с межвидовыми различиями в числе овуляторных фолликулов (моноовуляция у человека против 8–10 ооцитов за цикл у мыши).Геномные локусы AMH извлекали из UCSC Genome Browser, последовательности формировали в FASTA и выравнивали MAFFT. Консервативность оценивали парной процентной идентичностью, включая скользящее окно 100 нт с шагом 50 нт; дополнительно рассчитывали GC‑состав и частоты 3‑меров, а полностью консервативные отрезки длиной ≥6 нт рассматривали как кандидаты регуляторных мотивов.Выравнивание охватило 2769 п.н.; из 2421 сравнимой позиции совпало 1641, что соответствует 67,782% идентичности; выявлены 348 пропусков, преимущественно в интронных участках.Последовательность человека характеризовалась более высоким GC‑содержанием, тогда как у мыши преобладали A/T. Обнаружено 77 полностью консервативных фрагментов (суммарно 767 п.н.), с кластеризацией коротких мотивов в предполагаемой промоторной зоне (позиции ~56–375) и наличием протяжённого 38‑нуклеотидного мотива в 3′‑области. Профиль идентичности был волнообразным, с регионами существенной дивергенции (до ~40–45%) и локальными пиками консервации (до ~80%). Сделан вывод, что консервативные домены поддерживают базовую функцию AMH, тогда как видоспецифичные некодирующие вариации могут участвовать в настройке темпов рекрутирования и созревания фолликулов, потенциально влияя на число овуляций.
2. Концепция «Жизнь как вычисление» и разработка новых противоопухолевых технологий
   Брень А. Б. Поротникова А. В. Колесникова А. М. Денисенко Ю. В. Чистяков В. А.
   Резюме Abstract | Скачать
   Предложено развитие прикладных аспектов концепции «жизнь как вычисление» как междисциплинарной парадигмы, объединяющей биологию, информатику и физику. Акцент сделан на верификацию концепции через её применение для разработки новых методов борьбы с онкологическими заболеваниями, где биологические «вычислительные платформы» - онколитические вирусы и генетически модифицированные бактерии - интегрируются с новыми интеллектуально-ориентированными биологическими и информационными технологиями. Авторы демонстрируют, что синтетическая биология позволяет программировать микробные системы для анализа опухоли в реальном времени, создавая адаптивные персонализированные стратегии терапии. Развитие подобных интеграций биологических и технологических ресурсов создает реальные перспективы перевода рака из категории фатальных угроз в управляемую патологию. Исследование подтверждает, что концепция «жизнь как вычисление» - не только теоретическая конструкция, но и рабочий инструмент, меняющий парадигму борьбы с заболеваниями через симбиоз естественных и искусственных вычислительных систем.
3. Анализ функциональной значимости полиморфных локусов генов ассоциированных с нарушениями сперматогенеза
   Поротникова А. В. Шерчкова Т. А. Гориславский И. В. Дьяченко Е. . Александрова А. А. Романов Д. Е.
   Резюме Abstract | Скачать
   Изучение молекулярно-генетических механизмов, отвечающих за правильное протекание сперматогенеза, является одной из актуальных проблем в современной медицине. Для «открытия» новых генетических вариантов ассоциированных с процессами нарушения регуляции сперматогенеза и функции сперматозоидов, с помощью биоинформатических подходов, изучена функциональная значимость ранее не исследованных 6227 генетических вариантов, которые локализуются в генах, приводящих к развитию 15 редких моногенных заболеваний, в сиптомокомплексе которых регистрируются нарушения процесса сперматогенеза. Из анализа были исключены мутации приводящие к моногенным заболеваниям. В работе использованы биоинформатические инструментов, прогнозирующие уровень значимости генетических вариантов: SIFT, PolyPhen2, MutPred, PROVEAN, Meta SVM/LR, PredictSNP2 и Revel. В результате анализа из 6227 однокулеотидных полиморфных локусов в генах DMRT1;DAZL; TEX11; SYCP3; CATSPER2; BUB1B; POC1A; GPX4; NPHP4; ABCD1; DAZAP1; DNAH1; DCAF17; SMN1; PKD1, нами отобрано 11 генетических вариантов для дальнейших верификационных исследований : rs56079734; rs35611758; rs13060192; rs74363541; rs17052095; rs61739896; rs419752; rs73507255; rs555164; rs12084067. Все найденные 11 генетических вариантов находятся в экзонах и согласно полученному биоинформатическому прогнозу приводят к существенному снижение функции белка.