Покудина Инна Олеговна

Публикации автора:

1. Исследование полиморфных вариантов генов длинных некодирующих РНК ANRIL, NEAT1 и MALAT1 при легком и тяжелом течении COVID-19
   Теплякова Е. Д. Аль-Джавади А. М. Покудина И. О. Шкурат Т. П.
   Резюме Abstract | Скачать
   COVID-19, вызванный высокопатогенным вирусом человека SARS-CoV-2, приводит к широкому спектру клинических проявлений — от бессимптомного течения до тяжелых, угрожающих жизни инфекций. Длинные некодирующие РНК (днкРНК) регулируют сигнальный путь интерферона, активируют сигнальные пути JAK-STAT и NF-κB, выработку цитокинов и хемокинов при заражении SARS-CoV-2. Целью исследования было изучение влияния полиморфизма генов днРНК РНК ANRIL rs564398, MALAT1 rs3200401 и NEAT1 rs674485 на тяжесть течения COVID-19. Были генотипированы полиморфные локусы генов днРНК: ANRIL (rs564398), MALAT1 (rs3200401) и NEAT1 (rs674485) у 349 человек обоего пола перенесших коронавирусную инфекцию COVID-19: 207 пациентов с легкой, 142 с тяжелой формой COVID-19. Тотальную геномную ДНК выделяли из образцов венозной крови методом термокоагуляции. Однонуклеотидные полиморфизмы были детектированы методом аллель-специфической ПЦР с использованием TaqMan-зондов. Результаты показали, что генотип T/C, аллель C гена ANRIL rs564398, генотип AA, минорный аллель A NEAT1 rs674485 ассоциированы с риском тяжелой формы COVID-19. Генотип TT, аллель T ANRIL rs564398, гетерозиготы GA и доминантный аллель G NEAT1 rs674485, достоверно снижают риск развития тяжелых симптомов COVID-19. Не установлено ассоциации полиморфизма MALAT1 rs3200401и риском тяжелой формы COVID-19. Показано, что трехлокусная модель генотипов ANRIL (ТС) * MALAT1 (СС) * NEAT1 rs674485 (АА) повышает риск тяжелой формы COVID-19 в 4 раза (p=0,009; χ2= 6,92; ОШ=4,26; 95 % ДИ 1,33-13,67), сочетание генотипов ANRIL (ТТ) * MALAT1 (СС) * NEAT1 (GА) показало значимый защитный эффект (p=0,04; χ2= 4.04; ОШ=0.56; 95 % ДИ 0.31-0.99). Результаты свидетельствуют о том, что выявление днРНК участвующих в воспалительных реакциях на инфекцию SARS-CoV-2 и развитии COVID-19 может помочь в классификации тяжести заболевания, а также определении биомаркеров терапевтических мишеней для лечения COVID-19.
2. Анализ ассоциации полиморфных локусов генов Toll-подобных рецепторов TLR2 rs5743708, TLR3 rs3775291, TLR4 rs4986791, TLR7 rs179008, TLR9 rs5743836 с риском развития тяжелой формы COVID-19
   Аль-Джавади А. М. Покудина И. О. Шкурат Т. П.
   Резюме Abstract | Скачать
   Инфекция SARS-CoV-2 вызывает врожденный иммунный ответ, который активируется с помощью Toll-подобных рецепторов (TLRs). Известно, что генетические вариации в TLRs хозяина могут влиять на инфицирование SARS-CoV-2, иммунную реакцию и тяжесть COVID-19. В этом исследовании проанализирована частота полиморфизмов в генах TLRs у пациентов с COVID-19 с различной тяжестью течения, для оценки их влияние на тяжесть заболевания. Методы: Были генотипированы пять полиморфизмов TLRs у 319 человек обоего пола перенесших коронавирусную инфекцию COVID-19, включая 111 пациентов с легкой формой заболевания, 127 со средней и 81 с тяжелой формой течения COVID-19. Тотальную геномную ДНК выделяли из образцов венозной крови методом термокоагуляции. Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) TLR2 rs5743708, TLR3 rs3775291, TLR4 rs4986791, TLR7 rs179008, TLR9 rs5743836 были детектированы методом аллель-специфической ПЦР и электрофоретической детекции или в режиме реального времени. Результаты: Результаты показали, что генотип АА и аллель А гена TLR2 rs5743708, генотип ТТ и минорный аллель Т TLR3 rs3775291, минорный аллель Т у женщин гена TLR7 rs179008 повышали риск развития тяжелой формы COVID-19 в легкой и средней группах. Генотип GG, аллель G TLR2 rs5743708, доминантные гомозиготы СС и доминантный аллель С TLR3 rs3775291, аллель А TLR7 rs179008 у женщин ассоциированы со снижением риска развития тяжелых симптомов COVID-19. В представленном исследовании не установлено значимых ассоциаций между полиморфизмами TLR4 rs4986791 и TLR9 rs5743836 и риском развития тяжелой формы COVID-19. Выводы: Результаты свидетельствуют о том, что полиморфизм генов TLR2 rs5743708, TLR3 rs3775291 TLR7 rs179008, может представлять собой генетический фактор риска развития тяжелой формы COVID-19, что позволяет предположить, их использование в качестве молекулярных предикторов клинического фенотипа COVID-19.