Антибиотикорезистентность условно-патогенных бактерий водной среды представляет значимую угрозу для здравоохранения, поскольку микробиомы водных экосистем служат как резервуаром, так и возможным источником распространения генов антибиотикорезистентности (АРГ). Цель настоящей работы – анализ фенотипической устойчивости и детекция АРГ условно-патогенных микроорганизмов, выделенных из вод рек Дон и Темерник в акватории городов Ростов-на-Дону и Азов. Поскольку распространение АРГ связано с мобильными генетическими элементами (МГЭ), в геномной ДНК бактерий определяли также гены интеграз 1, 2 и 3 классов (intI1, intI2, intI3). Из проб воды были выделены штаммы Escherichia coli, Enterococcus spp., Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae и Citrobacter braakii. Результаты определения чувствительности к антибактериальным препаратам показали, что наиболее высокий индекс множественной лекарственной устойчивости (MAR-индекс) характерен для штаммов P. aeruginosa далее следовали Enterococcus spp. и представители Enterobacteriaceae. Количество копий генов антибиотикорезистентности (blaVIM, blaCTX-M, mecA, vanA, tetO, ermB, mphA, sul2, aadA2) и генов интеграз определяли методом количественной ПЦР. Наиболее часто выявлялись и имели повышенное относительное содержание гены sul2, blaCTX-M, tetO и aadA2, а также интегроны 1-го класса. Гены устойчивости к метициллину (mecA) и макролидам (mphA) имели низкую частоту встречаемости у исследованных бактерий. Обнаружены значимые положительные корреляции между относительным содержанием vanA и устойчивостью к колистину, tetO/тетрациклину, tetO/доксициклину, blaVIM/ампициллину. Гены устойчивости vanA, blaVIM, sul2 и ermB имели положительную значимую корреляцию с intI1, intI2 с mecA, а intI3 c blaVIM, sul2, aadA2, что может свидетельствовать о роли МГЭ, в частности, интегронов, в горизонтальном переносе данных АРГ.