Получены новые результаты, касающиеся филогенетики и филогеографии курганчиковой мыши Mus spicilegus Petenyi, 1882. В настоящее время восточная граница этого вида проходит в России по территории Курской, Белгородской и Ростовской областей. Целями исследования являлись: оценка генетической изменчивости и анализ филогенетических взаимоотношений популяций курганчиковой мыши в наименее изученной в этом отношении восточной части ареала. В результате филогенетического анализа нами установлено, что существует две филогруппы курганчиковых мышей – восточная и западная. В первую входят особи M. spicilegus из восточной части ареала (Молдова, Крым, Ростовская область), во вторую – зверьки из центральной и южной Европы (Австрия, Черногория, Сербия, Греция). Ранее был выделен подвид курганчиковых мышей в южной Европе – M. s. adriaticus. На филогенетическом дереве в нашей работе данный подвид выделяется в отдельную филогруппу. Первая филогруппа – предковая с Балканского полуострова, отличающаяся более высоким генетическим разнообразием, вторая – распространенная в восточной части ареала, характеризующаяся низкой генетической изменчивостью.