616-055.5/.7(082)
Данный обзор посвящен рассмотрению генетической характеристики вируса SARS-CoV-2, его структуры и основных способов диагностики. Вирус SARS-CoV-2 представляет собой одноцепочечную молекулу РНК, длина генома вируса варьирует от 29,8 т.п.н. до 29,9 т.п.н. Сравнительный геномный анализ показал, что SARS-CoV-2 относится к группе бета-коронавирусов и очень близок к SARS-CoV. Первоначальный сравнительный геномный анализ показал, что SARS-CoV-2 почти на 79% идентичен SARS-CoV и на 50% идентичен вирусу MERS-CoV. На основе исследований гомологического моделирования было показано, что SARS-CoV-2 на 96,2% гомологичен BatCoV RaTG13, коронавирусу летучих мышей рода Rhinolophus affinis. Исследования по установлению происхождения SARS-CoV-2, показали, что случайные мутации и рекомбинация - два основных источника генетического разнообразия этого вируса. Недавно опубликованные работы показывают, что частота мутаций SARS-CoV-2 примерно такая же, как и в геноме SARS-CoV (0,80–2,38 × 10–3 нуклеотидных замен на сайт в год). Наиболее частыми типами мутаций в геноме SARS-CoV-2 являются синонимичные и миссенс-мутации. Также в геноме SARS-CoV-2 были обнаружены мутации других типов: нонсенс-мутации, вставки, делеции, мутации некодирующей ДНК. Обнаружено по крайней мере семь генетически независимых клонов, которые приобрели мутацию в одном конкретном месте Q677H или Q677P гена шипового белка Spike вируса.
10.18522/2308-9709-2021-35-4
This review describes the genetic characteristics of the virus, the main ways to diagnose COVID-19 infection. The SARS-CoV-2 virus is a single-stranded RNA molecule, the length of the virus genome varies from 29.8 kbp. up to 29.9 kb Comparative genomic analysis showed that SARS-CoV-2 belongs to the group of beta-coronaviruses and is very close to SARS-CoV. Initial comparative genomic analysis showed that SARS-CoV-2 is almost 79% identical to SARS-CoV and 50% identical to the MERS-CoV virus. Based on homologous modeling studies, SARS-CoV-2 has been shown to be 96.2% homologous to BatCoV RaTG13, a bat coronavirus of the genus Rhinolophus affinis. Studies to establish the origin of SARS-CoV-2 have shown that random mutation and recombination are two main sources of the genetic diversity of this virus. Recently published works show that the frequency of SARS-CoV-2 mutations is approximately the same as in the SARS-CoV genome (0.80-2.38 × 10-3 nucleotide substitutions per site per year). The most common types of mutations in the SARS-CoV-2 genome are synonymous and missense mutations. Mutations of other types were also found in the SARS-CoV-2 genome: nonsense mutations, insertions, deletions, mutations of non-coding DNA.
At least seven genetically independent clones have been found that have acquired a mutation at one specific site Q677H or Q677P of the Spike virus spike protein gene.